현상변경과 조사 정비의 허가는 문화재청이 담당하며, 유산의 현장관리는 각 지자체에서 담당한다. 발굴조사와 정비는 유산의 진정성과 완전성의 유지를 위해 전문기관 및 공인된 전문가에 의해 이루어진다. 출토된 유물은 국가에 귀속되며, 박물관이나 연구기관에 보관되어 있다. 유산의 관리에 필요한 재원은 문화재청과 지방자치단체에서 지원한다.

각 고분군별 보호관리계획이 수립되어 있으며, 가야고분군 세계유산 등재추진단에서는 유산에 대한 통합 모니터링을 실시하고 있다. 등재추진단은 가야고분군의 통합보존관리계획도 수립했다